제자훈련의 주 목적은 평신도의 재발견에 있다.

교회 안에는 대다수가 평신도이다. 불행하게도 많은 교회에서 평신도들이 자신의 정체성과 역할에 대해서 제대로 인식하지 못하고 영적인 잠을 자고 있다. 엄청난 저력을 가진 거인이 힘을 쓰지 못하고 있는 상태이다. 평신도들은 교회의 객체가 될 수 없다. 교회의 주체이다. 교역자와 평등하게 그리스도의 지체들이다. 그들은 모두 교회 안에서 소명을 가지고 있다. 교회 안에 있는 모든 사람은 예수 그리스도의 제자인 것이다.

그 제자의 자질을 일깨우기 위해서 1년 동안 제자반과 다른 1년 동안 사역반이 운영되어진다. 제자반은 교구목사들에 의해서 운영되어지며, 이것은 소그룹 형태로 '평신도를 깨운다'라는 교재를 가지고 제 1권에서는 제자훈련의 터 다지기, 2권은 아무도 흔들 수 없는 나의 구원, 그리고 마지막 3권에서는 작은 예수가 되라는 제목으로 현실에 뿌리를 둔 영성깊은 제자훈련이 전개 되어진다.

사역반에서는 담임목사님의 전체적인 모임 하에서 이루어지는데, 이 시간을 통해서 담임목사님과이 목회 철학이 공유되어지고, 리더로서의 자질을 향상시키기 위한 리더 훈련까지 시행되어서, 교회 안에서 리더로서의 역량을 갖추도록 하는 시간을 갖는다.